税理士法人We will名古屋事務所の清水です。
改正された電子帳簿保存法では帳簿書類についてスキャナ保存をすることも認められています。基本的にはスキャナ保存をするための必要な手続きはございません。紙の書類をスキャナで読み取り電子データで保存すれば会社内のペーパーレス化が進みますので積極的に活用してみてはいかがでしょうか。
まずは、お使いのスキャナが保存要件を満たしているかどうかを確認する必要があります。要件を満たすソフトウェアなどには「公益社団法人　日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）」の認証マークが付いています。自社でソフトウェアを独自開発する場合は、税務署や国税局に設けられた事前相談窓口で要件を満たしているか確認を行ってください。
　対象となる書類は取引相手から紙で受け取った書類、及び会社が作成して相手取引先に交付する書類の写しです。具体的には、契約書、請求書、見積書、注文書、納品書、検収書、領収書、そしてこれらの書類の控えが該当します。
　書類をスキャナで読み込みしたらタイムスタンプの付与を約70日以内に行います。タイムスタンプとは、ある時刻にその電子データが存在していたこと（存在証明）と、その時刻以降改ざんされていないこと（非改ざん証明）を証明するものです。画像データの訂正や削除の履歴が確認できるなど、一定の要件を満たすシステムに保存する場合はタイムスタンプが不要となる場合もあります。
　スキャナ保存をすることでペーパーレス化の促進にも直結し、紙の文書を保存していたスペースも活用でき、書類整理のための労力の削減も期待できるのではないでしょうか。